თავდაცვის სისტემის ორგანიზაცია კომპლექსური საკითხია და გულისხმობს ეროვნული უსაფრთხოების ინსტიტუტების (თავდაცვის სამინისტრო, უშიშროების საბჭო და ა.შ.) კოორდინირებულ მუშაობას. ქვეყანაში უნდა არსებობდეს თავდაცვის და, ზოგადად, უსაფრთხოების სისტემის განვითარების ერთიანი კონცეპტუალური ხედვა, რომელიც ჩამოყალიბებული უნდა იყოს შესაბამის უწყებრივ დოკუმენტებში. გარდა ამისა, უმნიშვნელოვანესია ისეთი საკითხები, როგორიცაა თავდაცვის სისტემის სამოქალაქო-დემოკრატიული კონტროლი და უწყებებს შორის უფლება-მოვალეობათა გამიჯვნა. აუცილებელია სტრუქტურების კვალიფიციური, პროფესიონალი კადრებით დაკომპლექტება. თავდაცვის სამინისტრო უნდა გათავისუფლდეს პოლიტიკური წნეხისგან და უზრუნველყოფილი უნდა იყოს მისი პოლიტიკური ნეიტრალიტეტი. ძალოვანი სტრუქტურების ფინანსური საქმიანობა, კანონით გათვალისწინებული ნორმების შესაბამისად, უნდა იყოს გამჭვირვალე. საზოგადოებისა და არასამთავრობო ორგანიზაციებისთვის ხელმისაწვდომი უნდა გახდეს თავდაცვის სამინისტროს დაფინანსების საკითხები.
აუცილებელია, აგრეთვე, შეიქმნას სამოქალაქო თავდაცვის სისტემის განვითარების ხედვა და გადაიდგას კონკრეტული ნაბიჯები აღნიშნული მიმართულებით.
